Ha Ön kutató, vagy egy biológiai kurzus oktatója, és szeretne diákjainak egy olyan online forrást ajánlani, ahol magukévá tehetik a molekuláris biológiai technikák alapjait, A MEGFELELŐ HELYEN JÁR. Sőt, szívesen fogadjuk protokolljaikat, tanácsaikat, ötleteiket és bemutató videóikat is, hogy együtt építhessünk egy átfogó, kiváló kiindulási pontot minden lelkes, leendő ifjú kutatónak!

A blog különleges jellemzője, hogy szerkezete egy web alapú könyvnek felel meg, kombinálva a blogok flexibilitását, a web 2.0 interakciós lehetőségeit, a multimédia szemléltető eszközként való alkalmazását egy könyv struktúrált keretein belül. Ebből a szempontból az előbb leírt szerkezet mindkét Világ legjobbját nyújtja: az információ logikusan strukturált, kulcsszavakkal kereshető, linkek és beágyazott videók segítenek az olvasónak megérteni, kontextusba helyezni az olvasottakat, és mélyebb megértést biztosítani a látottaknak.  Részletesebb leírás a blogról, mint újgenerációs könyvről: itt.

A blogot azon okból kezdtem el szerkeszteni, mert minden szemeszterben legalább öt diák érkezik hozzánk azzal a szándékkal, hogy betekintést nyerhessen a molekuláris biológiai laboratóriumi munkába túl az egyetemi tananyag elsajátításán. Minden hallgató, aki a vezetésemmel szerzett laboratóriumi tapasztalatot akár tudományos diákkörös hallgatóról vagy szakdolgozóról volt szó, ugyan azokon az alapvető lépéseken haladt végig betanulási fázisa alatt. Mivel a módszer eddig igen sikeresnek mutatkozott, szeretném folytatni ezt a trendet kiegészítve azzal, hogy ezen blogon keresztül írásos formában elérhetővé tesszük és fejlesztjük a részletes kísérletes protokollokat, valamint videókat készítünk az alapvető lépésekről.

Laboratóriumunkban a következő lépéseken haladunk végig a labortechnikai betanulás fázisában:

I. BEVEZETŐ RÉSZ:

1. Biztonsági szabályok és előírások a laboratóriumban.
2. A laboratóriumi jegyzőkönyv vezetésének szabályai.
3. Hogyan kezeljük a kísérlet során, illetve a laboratóriumban keletkező egyéb hulladékokat?
4. Milyen típusú vizeket használunk?
5. “Méretek a biológiában”.
6. Egy molekuláris biológiai laboratórium alapvető műszerei.
7. Hogyan építsünk mikroszkópot mobiltelefonból? (lásd: Wired Science)
8. Folyadékkezelés pipetták használatával.

II. ALAPOK EGY MOLEKULÁRIS BIOLÓGIAI LABORBAN:

1. Hogyan előzhetjük meg a biológiai mintánk degradálódását RNS, DNS illetve fehérjék esetén?
2. DNS tisztítási módszerek.
3. RNS tisztítási módszerek.
4. A kinyert DNS és RNS minőségi kontrollja – NanoDrop.

III. EGYÉB GYAKRAN HASZNÁLT ALAPTECHNIKÁK:

1. Plazmidokkal végzett munkák:

• Transzformálás
• Bakteriális kultúrák készítése
• Plazmid tisztítás
• Restrikciós analízis (Restrikciós Enzimek)
• Gélelektroforézis

2. Sejttenyésztő laboratóriumban végzett munkák:

• Sejttenyésztési alapok
• Mi számít “sterilnek” sejttenyésztő körülmények között?
• Letapadó és úszó sejtkultúrák
• Sejtek passzálása (átoltás, szubklónozás)
• Sejtszámolás

3. Transzfekció:

• PEI transzfekció
• Béta-galaktozidáz enzimaktivitás mérése transzfekciót követően

4. PCR:

• A PCR technika bemutatása
• PCR és qPCR a gyakorlatban
  
• QPCR primertervezés pofonegyszerűen
• PCR eredmények analízise
• Egyéb, speciális PCR technikák

IV. GENOMI BIOINFORMATIKA ALAPOZÓ

• Kell-e nekem a bioinformatika?
• Belépés az ngsdeb szerverre
• UNIX alapok
• Mire jó a „cső” karakter?
• ChIP-seq_anal.sh
• A szuper-enhanszerekről és azonosításukról
• Adatok megjelenítése genom böngészőben
• Adatok megjelenítése genom böngészőben
• Genomi régiók lefedettségének ábrázolása hőtérképen
• A szekvencia motívumok szerepe a transzkripció szabályozásában
• DNS szekvencia motívumok azonosítása I.
• DNS szekvencia motívumok azonosítása II.
• GRO-seq

V. HALADÓ TECHNIKÁK:

A laboratóriumunkhoz kapcsolódó haladó kísérleti technikákhoz a protokollok gyűjtése és optimalizálása folyamatosan zajlik, így később kerülnek bemutatásra. Tervezzük az újgenerációs szekvenálás és a részben ahhoz köthető kromatin-szintű vizsgálatok bemutatását.

„Dr Bálint Bálint László Magyary Zoltán ösztöndíjasként végezte ezen feladatot. A projekt az Európai Unió és Magyarország támogatásával, az Európai Szociális Alap társfinanszírozásával a TÁMOP 4.2.4.A/2-11-1-2012-0001 azonosító számú „Nemzeti Kiválóság Program – Hazai hallgatói, illetve kutatói személyi támogatást biztosító rendszer kidolgozása és működtetése konvergencia program” című kiemelt projekt keretei között valósult meg”.